番茄在生长过程中总会出现一些叉子，如果摸叉时间过晚，会争夺植株的营养，摸叉过早，会抑制地下部根系的发育，不利于植株的总体发育。那么西红柿摸叉就应该掌握合理的时间，在杈8~10厘米时抹除较为合适，既不会争夺植株过多的营养，也不可能影响根系发育。
对于摸叉问题，其中的道理同样适用于其他茄果类蔬菜，包括茄子、辣椒，操作方法相同。摸叉时不宜造成伤口过大；在低温栽培（冬春栽培），伤口容易感染细菌以及灰霉病等，所以能适当留下3公分的柄，防止伤口腐烂时能快速侵染茎秆。
近期有种植西红柿的菜农反应：西红柿小苗缓苗期刚过，但是植株长势严重失衡，叶片薄、发黄白色，茎秆纤细，而且茎秆拔节非常高，就像是用过赤霉素一样的效果，基本上没有花果，这是怎么回事呢？经过专家的仔细地了解询问，结论是劣质基肥的激素危害。
菜农朋友们在施用基肥时，经常用到商品有机肥和生物菌肥，西红柿苗子拔节过长的原因经常就出现在这两种肥料上。原因是不法厂家为了突出产品在蔬菜上的生长效果，过多添加了激素物质，例如赤霉素、复硝酚钠等。
如果遇到这一种情况又该如何解决呢？可以叶面喷施矮壮素+磷酸二氢钾，控制植株长势，协调营养供应。
西红柿出现沤根情况主要发生在苗期，如果地温长时间低于12摄氏度、光照弱、浇水过大都会造成。植株不生新根，而且根系表皮变为锈褐色，根系表皮容易剥离，严重者出现腐烂，从而出现萎蔫或者死棵。地上部叶片发黄，叶缘枯焦，生长极为缓慢。
防治方法：苗期浇水要控量，适时喷淋生根剂，促进根系发育；叶面喷施甲壳素、芸薹素等调理剂，增强植株抗性。
番茄苗期猝倒病症状表现：猝倒病大致上可以分为出苗期猝倒、烂种、苗后猝倒。在苗后侵染主要是小苗生长的前期，主要危害根部和地面上幼苗茎基部，幼苗倒伏，发病速度很快，幼苗成片死亡。
发病原因：主要发病原因是低温高湿、光照不足、播种过密、氮肥施用过多以及苗床土带菌造成。
防治方法：可以喷淋恶甲水剂、精甲霜灵锰锌、普力克来防治，最好结合立枯病共同防治效果佳。
立枯病主要危害苗床上的苗子，在茎基部出现暗褐色病斑，然后导致皮层腐烂，病部收缩干枯，但是不危害木质部，所以苗子站立枯死，湿度大时，病部具有不明显的淡褐色蛛丝状霉。
茎基腐病：主要危害西红柿定植后的大苗，在地表上下的茎基部出现暗褐色病变，后绕茎基部扩展，病部皮层腐烂，绕茎一周后皮层枯死，湿度大时，病部出现浅褐色蛛丝状霉层或者出现灰褐色、大小不一的小菌核。
两种病害发病后期都能造成死棵，所以要尽快防治，常常作为一种土传病害发病严重。
防治方法：发病初期，可以再一次进行选择药剂为：甲基托布津+恶霉灵或者多.福+恶霉灵喷淋茎基部。
番茄腐霉茎基腐病近几年危害非常严重，主要危害刚刚处于缓苗期的西红柿，高温高湿容易发病，俗称“茎疫病”，对根系危害不大，但是随着病情发展，会造成死棵。
主要危害地表上下2~3厘米左右，产生暗褐色病斑，逐渐向上扩展，并绕茎秆一周后，病斑腐烂变褐，变软并且缢缩。
高温、高湿是导致发病的根本原因，在秋延迟以及越夏种植过程中危害严重，如果缓苗水过大，外界温度30摄氏度以上，会造成该病害大发生。
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